、湖州为李秀成军,金华、严州、宁波、绍兴、台州、温州为李世贤军,太平军占据了浙江绝大部分地区。只剩了温州一小块和衢州还在清军手中。1861年夏,李自成集结重兵攻打上海,欲占据这块财货堆积如山、富得流油的商贸宝地,由于西洋列强公然干预,器械精良的外军配合淮军作战,在其绝对的火力压制下,太平军的人海战术难以奏效,死伤颇重,李秀成被迫撤军,首次攻打上海失利。
1861年秋,太平天国战略要地安庆失守,捻军失去依托,难以立足,张乐行乃于是年12月率捻军从定远撤退,北归颍上。陈大喜、张凤林想从豫东招兵入山东,魏宣武同意,但规定不能强征,结果,陈大喜、张凤林仅从豫东带走死党千余人,到山东与张宗禹部汇合与由直隶南下的僧格林沁部周旋,于1861年春先后在巨野羊山集、菏泽李家庄、汶上杨柳集三败僧格林沁。投陈玉成的捻军首领孙葵心在挂车河之战手臂负伤后于庐州养伤运粮时,遭到了地主武装团练的偷袭,被一个名不见经传的团练小兵用矛刺穿心脏。“圩寨战术”发明者刘玉渊从河南购粮后在山东巨野东南30 公里之羊山集,大败僧格林沁后还守雉河集。
咸丰十一年( 1861 年) 十月, 李、蓝在牛佛渡会师, 队伍已发展到30万人。李永和以铁山为根据地, 由蓝二顺率部北上, 围攻绵州、成都, 曹灿章率部挺进川东, 围攻重庆。时“川中州县,半沦匪区” 队伍进一步发展到六十万。1861年9月,石达开自桂南北上,于1862年初经湖北入川。自此,为北渡长江,夺取成都,建立四川根据地,石达开转战川黔滇三省,先后四进四川。1861年8月清军陷浔州,陈开被俘杀,大成国灭,余部投石达开。1861年2月,吴凌云在太平府正式建立延陵国,自称延陵王,铸印文曰“延陵玉玺”,颁布诏令,封官设职,修建宫室,蓄发变服。以梁国桢为军师,罗品光为元帅,黄万年为辟疆侯,梁谦之以下数十人亦拜官封爵。吴凌云以长子吴亚忠守太平,次子吴朱元守养利;以梁国桢、董万年等数十人分守要隘。延陵国迎来全盛时期。贵州年过八旬的刘义顺于1859年4月拥立朱明月(张保山)为大明秦王,沿用杨龙喜的江汉年号,顺时为江汉六年,而刘义顺、秦魁榜二人便居左、右丞相。1859年9月21日, 朱明月等带领白号军直逼偏刀水,一气攻克了清军大本营。提督蒋玉龙弃营逃跑,被清廷革职查办。于是,清军提督大本营变成了白号军根据地,由白号军元帅田兴朝、军师何发喜、将领何兴儒、王礼廷等领军两万驻守。不久, 朱明月再度攻下余庆松烟等地,遂在其辖区内的觉林寺建立了白号军第又一个大本营。1860年8月12日, 朱明月进军桐梓,贵州提督 田兴恕便趁机带领“长胜军”奔袭余庆境内乌江南岸的白号军。经过十余天的激战,白号军寡不敌众,十多个营寨被清军所破。于是, 田兴恕便有些得意忘形,一面令“长胜军”驻扎 龙溪,一面令人飞驰向朝廷报功。 朱明月得到消息后,一边暗中派人与石阡白号军联系,一边抄小道返余庆。8月24日, 朱明月及其所属万余人与石阡白号军同时抵达龙溪,突然向田恕的“长胜军”两面夹攻。措手不及的“长胜军”被打得昏头转向,死伤过半, 田兴恕也因之而被撤去提督一职。
期间,洪仁轩和陈玉成数次给魏宣武去信,邀其出兵攻击清军,救援安庆,李秀成写信邀魏宣武同下苏、浙,魏宣武只是屯兵毫州,并无一兵一卒出境。陈李太平军、刘义顺、石达开、李永和、蓝大顺、陈开、吴凌云等各路义军也先后派人与魏宣武联络购买军火粮食,魏宣武将历年所购洋枪炮、劈山炮、鸟枪、抬枪、刀、矛、弓弩、箭矢、弹子及粮食、盐巴尽数出售,得银数百万两。1861年及1862年7月,魏宣武均在陕西、河南发展经济,训练部队,积草屯粮,坐看风云。