1874年2月6日,日本政府通过《台湾番地处分要略》。4月组成所谓的“台湾生番探险队”3000人,由陆军中将西乡从道率舰队侵略台湾,并在琅峤登陆。5月18日,日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。7月,日军以龟山为中心建立都督府。太平天国得知日军侵犯台湾消息后,立即向日本政府提出质问,并派福建省统制郑永和派兵直赴台湾支援。郑永和等到达台湾后,与台湾省统制刘铭传一起积极备战,台湾省长卢忠信、总教文质彬与日军交涉。日军由于不服台湾水土,士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾,于是转而用外交手段解决问题。刘铭传与郑永和互相配合,一场激战,攻克龟山日军都督府,全歼西乡海军陆战队,西乡逃回海上舰队。太平军东海舰队司令丁汝昌率舰船包围西乡从道舰队于琅峤海面,陆上海岸有刘铭传的陆军部队,西乡舰队补给中断,陷入困境。5月28日,日本第一任驻华大使柳原前光抵达上海,积极贯彻拖住太平天国政府的策略。声称日本“讨伐”的地方是不属于太平天国管辖的“无主野蛮之地”,最后还不忘“一脸诚意”地说,出兵只是为了向台湾土着“问罪”,对太平天国依旧保持和平。太平天国外交部长傅兰雅正告柳原前光,日本必须为武力侵台向天国道歉,并赔偿天国军费白银一百万两,台湾死难者抚恤费白银二十万两,否则将武力消灭西乡舰队。柳原前光见无法在外交上占到便宜,便向内务卿大久保汇报,大久保上奏明治天皇,日本当时并未跻身与世界列强,且国内动荡,明治天皇不得已同意太平天国的条件,授意柳原前光与太平天国签定了《台湾专约》,由日本赔偿太平天国白银一百二十万两。条约签定,太平天国军务制置院令丁汝昌放西乡舰队回国,郑永和部仍回福建,刘铭传在台湾整军经武,修缮各府县城墙,择地构筑国防工事,在沿海险要处修筑炮台,建立台湾炮艇队。
甲戌风灾发生在1874年9月22日至24日。当年一连三日,一个强烈台风横过珠江口,先后吹袭香港及澳门,远至广州亦受灾害。港湾内大小船只纷纷沉没,岸上的房屋成片倒塌,花王堂受电击起火,火光冲天,烧毁大量的房屋。在香港,台风造成2,000余人死亡,成为香港有记录至今第三多人死亡的风灾,风暴期间,千间房屋被摧毁,维多利亚港内十多艘远洋船只沉没,数百只中国帆船沉没,还有包括花王堂在内的大批建筑被摧毁,损失共达200万元。澳门则约有5,000人死亡,以当年澳门人口约15,000人计,死亡人数高达全市人口的三分之一,亦是澳门史上最多人死亡的风灾。后来,澳葡当局为了纪念这一重大自然灾难的死难者,定9月22日为“天灾节”。1874年10月2日,太平天国南海舰队司令邓世昌以赈灾为名率舰船到香港、澳门,出动海军陆战旅,一举拿下两地,建立香港市、澳门县。英国驻华公使威妥玛提出强烈抗议,但此时英国政府正在忙于吞并马来半岛。1873年,在面临法国染指马来半岛的情况下,英国大举向马来半岛侵略扩张。盛产锡矿、又处于分裂状态的霹雳邦首当其冲。1874年1月,英国利用霹雳封建主为争夺苏丹继承权而发生内讧、锡矿开采区发生骚乱之机,强迫霹雳王室在邦咯条约上签字。从此霹雳沦为英国的殖民地。1874年11月初,英国驻霹雳第一任驻扎官J.W.伯奇到任,下令重新任命只对英国驻扎官负责的地方法官、村长,禁止各地封建主自行征税,宣布对粮食、船只、砍伐木材与亚答叶等都要征收重税。同时,征收户口税。英国政府接到威妥玛报告,鉴于太平军已实际占领香港且天国拒绝承认清廷对外所签一切条约,英国在华铁路修建上投入巨资又不便与天国交恶,只得接受太平天国夺回香港的事实。此时葡萄牙王室上层的互相倾轧使葡萄牙陷入无休止的内战和混乱,葡萄牙无力顾及澳门,也接受了太平天国夺回澳门的事实。
1874年10月9日,万国邮政联盟成立,太平天国宣布加入该联盟。1874年12月同治帝病逝,两宫要求政务院拨款按帝仪安葬,遭到政务院严词拒绝,最后同治由清室自掏腰包按普通百姓规格进行了安葬。